日本第一安産守護之大神と称せられる神功皇后を主祭神とし、仲哀天皇、応神天皇ほか六柱の神をおまつりする。仲哀天皇は、日本武尊の第２皇子で御身の丈高く容姿端正、御年３３歳でご即位。翌年、気長足比売をたてて皇后となされた。即ち神功皇后である。当時九州の熊襲が叛いて帰順しなかったので、親征されたがはかばかしからず、不幸陣中で崩ぜられた。そこで皇后は武内宿禰と議し、熊襲よりも先ずその後押しを断たうとせられ、御懐胎の御身を以て、親ら兵船を進められた。間もなく筑紫に凱旋せられて、お生まれなされたのが誉田別命即ち応神天皇である。皇后は摂政として、天皇を輔け給うこと７０年。内は複雑な内紛を処理して、国力の充実を図り、外は国際的主導権を握り、ここにはじめて我が国民の国家意識が自覚された。応神天皇の御代には百済王が裁縫師を奉り、弓月君は１２０県の民を率いて渡来し、博士王仁は論語と千字文を奉った。また阿知使主は１７県の部族を率いて渡来し、更に呉の国に行って縫工女を求めて帰った。そこで、養蚕、機織、建築、造船、その他美術、工芸等の新しい技術をはじめ、文字や儒学まで、一時にどっと我が国に流れ込んで来た。こうしてもたらされた大陸の先進文化を摂取して、ここに日本文化の根底が築かれたのである。今から１１００年ほど前、即ち清和天皇の御代この境内に大変香りの好い水が湧きでたので、その奇瑞に因んで、「御香宮」（ごこうぐう）の名を賜ったと伝える。円融天皇以後、度々社殿を造営せられ、後宇多天皇は弘安３年に元軍討平祈願の為種々の幣物を奉られた。後伏見天皇の御代にも社殿の御造営あり。伏見宮家の御先祖、伏見宮貞成親王は産土神として特に御崇敬遊ばされ、御祭礼には必ず猿楽（さるがく）や相撲を御覧になり、又度々御百度や御千度をなされたことが、御日記の「看聞御記」（かんもんぎょき）に詳しく誌されている。応仁の乱には、当社も兵火にあったので、その後は小さいお宮を建てておまつりしていた。天正１８年７月、豊臣秀吉は小田原城の北条氏を討ち滅ぼして、国内統一がほぼできたので、更に海外にまで勢力を展ばさんと、翌８月１１日、当社に願文と太刀（備前長光作、重用文化財）とを献じてその成功を祈った。やがて伏見城の建設に着手、文禄３年当社を城の艮（うしとら）にうつし、社領３００石を献じた。秀吉の亡き後、徳川家康は慶長１０年、またもとの所に社殿を造営し、秀吉同様３００石を献じて明治維新に及んだ。慶応４年正月（９月８日明治改元）伏見鳥羽の戦いには、伏見奉行所に幕軍が拠り、当社は薩摩藩の屯所になったが、幸いに兵火をまぬがれた。古来安産の神として信仰があつく、明治以前は、御幸宮とも称して、「幸」を招く神・守護をする神として広く崇敬されていた。末社１６社、大神宮、春日社、天満宮、新宮、熊野社、那智社、稲荷社、東照宮、住吉社、八坂社、恵比須社、厳島社、豊国社、若宮八幡宮。特殊神事としては神幸祭、旧暦９月９日、即ち重陽の節句に行われたもので、伏見９郷の総鎮守の祭礼であった故、古来伏見祭と称せられ、洛南の大祭として聞こえている。徳川２代将軍秀忠の息女千姫の奉納した御輿は日本一重い御輿と称せられ、今はかけないので昭和３７年に、軽いのを２基、ついで昭和６３年に１基を新調した。渡御の先駆をなす雄雌の獅子は、文政４年伏見奉行仙石大和守久功の寄進で、是れ又希に見る大きなものである。御輿は１日から拝殿に飾られ、１０日の朝７時頃から氏子区内を渡御し、夜７時頃神社にかえる。このお祭りの特徴は、室町時代から伏見９郷がそれぞれ風流傘を競ったことで、昭和３０年前後には百数十本に及び、実に壮観を極めたがその後急激に減少、しかし近年に至って復活の兆しがある。御弓始行事は、２月中卯月、鬼という字を左書きにした直径１丈余りの大的を拝殿の南面に立て、その年の神幸祭に、猿田彦命と天鈿女命として奉仕する本役２名が、烏帽子、狩衣姿でこれを射る。悪鬼を射ち払って氏子区内を平穏に、そして秋の祭礼に恙なく御奉仕出来るようお祈りするのである。茅ノ輪神事は７月３１日深夜に執り行われ、淀川堤の茅萱を７月中旬に刈り取り、５、６日干して直径１丈ほどの輪に作る。それを本殿と拝殿との中間に懸け、神職が祓いを修して先ずくぐる。つづいて参拝者がくぐるや否や争ってその茅萱を抜き取る。その状は実にものすごいものである。各々家に持ち帰り、輪にして門口へ吊るしておく。備後風土記の蘇民将来の古事に因るもので、当社では古くから行われ、なかなか盛んな行事である。「母のためも１つくぐる茅ノ輪かな」一茶。なお茅の輪を訛って「ちえのわ」と称し、知恵を頂くといって頭に巻く風習がある。醸造初神事は１２月中卯日末社松尾社の例祭で、氏子中の酒造家が今冬、仕込む酒のよい出来ばえを祈願する。本殿は慶長１０年徳川家康造営（国指定重要文化財）五間社、流造、檜皮葺、軒廻りには極彩色の絵画、彫刻を施し、豪壮華麗、よく桃山時代の建築の特色を現している。拝殿は伝、伏見城車寄（京都府指定有形文化財）であり寛永２年、紀伊大納言頼宣（初代紀州候）が拝領して当社に寄進した。７間３面、入母屋造、本瓦葺き、正面大唐破風及び周囲の蟇股の彫刻は精巧を極む。漆塗りの蔀戸（しとみどや）舞良戸（まひらと）等の住宅風の要素と、構図の自由奔放な彫刻との調和の妙は、桃山様式の面目を躍如たらしめている。表門は伝、伏見城大手門（国指定重要文化財）であり、元和８年、水戸中納言頼房（水戸黄門の父）が拝領して当社に寄進した。３間１戸、薬医門、、本瓦葺き。雄大な木割雄渾な蟇股、どっしりと落ち着いた豪壮な構えは、さすがに伏見城の城門たる面影をのこしている。４面の蟇股には支那２４孝の彫刻が施してある。鳥居は徳川頼宣が熊野石で造った鳥居が地震で倒壊したので、木鳥居に替えられた。その後修理の時にまったく模様替えして、大手筋に移し、その真木を御影石で根継ぎをし、５寸角の檜材でこれを包んだ。現在の丹塗の鳥居がそれである。柱の太さとその開き具合、笠木の反り及び貫との間隔等、その均整のとれた美しさ、額の文字は、黄檗山第２世木菴禅師の筆。この木鳥居を大手筋へ移転したあとへ紀州候７代宗将が建立したのが、表門内参道の石鳥居である。当社に奉納の石灯篭凡そ７５基。その中、由緒、形状、石質等に記すべきは次の如きものである。正保２年、徳川頼宣奉納１基。宝永７年、伏見奉行建部内匠頭奉納１基。文化１３年三上氏奉納１対。天保１３年、伏見奉行内藤豊後守の武運長久を祈って氏子中より奉納一対。その他、明和９年、板倉佐渡守家臣岡田氏奉納の唐金灯篭も優美なものである。今から６００年ほど前から、能楽の先行芸術たる猿楽が当社で盛んに行われていたことは「看聞御記」によって明らかである。殊に秀吉は能楽を愛好したので、当社を峠へ遷したときにも境内に能楽台を建てた。それを家康が現在の地に移したが、その後大破したので、宝永５年に取片付けた。文化８年ごろから新築を計画し、伏見奉行を通じて、しばしば京都所司代に請願したが終わりに許可されず、奉納の都度仮舞台を組み立てていた。明治１１年和楽社を興し、９社殿の北３間を改造して能舞台にし、４月１７日と１０月１１日とにに奉納された。昭和１０年更に舞台の補修、鏡間、橋掛及び見所新築。昭和５６年には能舞台の解体修理を行って面目を一新した。時に消長はあったとはいへ、能楽以前の猿楽時代からとにもかくにも当社で催能されてきたことは、能楽史上注目に価するものである。絵馬堂は桁行３０尺、染間１８尺、巨大な檜材で造る豪壮なたてものである。此処に懸る絵馬は百数十を数え、元禄、享保以前のものも少なくない。中でも猿曳きの絵馬は、その彫刻優秀にして種々の伝説を生み、左甚五郎の作とまで誤り伝えられている。また和算の大家西岡天極斎奉納の算額は、我が国算学史上特に貴重な資料として注目されている。茶道遠州流の祖伏見奉行小堀遠江守政一から６代目の和泉守政方が、安永６年伏見奉行に任ぜられた。最初は善政を施して伏見町民から悦ばれたが、やがて側近の奸臣に身を誤られ、乱行の日に甚しく重税、重罪を課して暴虚その極に達した。ここに町年寄文珠九助等同志７名敢然起って、幕府の要路に直訴せんことを画策した。一身一家を拠ち数年に亘る苦心惨憺の末、初志終に貫徹され、天明５年１２月政方は罷免され、住民は漸く塗炭の苦しみから救われたが、同志のうち２人は事件の落着を見ずして江戸の客舎に病死し、他は全員京都町奉行で牢死した。前町民のために筆舌に尽くせない労苦を重ね、文字通り死をもってこれに当たった尊い義挙も、世の変遷と共に空しく朽ち果つべきを憂へ明治２０年、百年祭を機に同憂の士相議り、その遺徳を顕彰し永く後世に伝へんものとこの記念碑を建設した。因に、「伏見義民碑」の題字は三条実美の書でその碑文は勝海舟の撰文である。御香水は（環境庁「名水百選」認定）であり、当社の名の起源となった井戸で「石井（いわい）の御香水」として伏見の７名水の１つとして有名であった。明治以降水が涸れていたが、昭和５７年７月本殿東側に復元した。地下１５０メートルから汲み上げている。この水は霊水として、病気平癒のため、また茶道、書道の方々も多く汲みに来られている。
以上