祭神として崇道天皇（早良親王）吉備真備 橘逸勢はじめ十三柱の神霊を祀る。

　この地には、はじめ付近住民の氏寺として創建された上出雲寺があったが延暦十三（七九四）年平安京遷都に際し、桓武天皇の勅願により王城守護の神として、奈良時代、平安時代初期に不運のうちに薨じた八柱の神霊を祀ったのが当社の初めである。のち明治天皇の御願により祭神五柱が増祀され、平安時代には御霊信仰（天変地異や疫病流行は怨霊のたたりであるとする信仰）が盛んで、この怨霊をなだめ祀るための御霊会が数々行われたが、当社は古来疫病除の霊社として有名である。このため創建以来朝野の信仰あつくとくに御所の守護神として皇室の尊信が深い。本殿は享保十八年に下賜された賢所御殿の遺構を復原したものである。また当社には神與・牛車等皇室の御寄附品多数を蔵する。

　境内は「御霊の杜」といい、応仁元年（一四六七）正月十八日畠山政長と義就の合戦が行われ応仁の大乱の発端となったところである。御霊祭は明治までは八月十八日であったが現在では当日は例祭（社頭の儀）五月一日神幸居祭、同月十八日還幸祭がおこなわれる。

　応仁の乱勃発地 文正二（一四六七）年正月十八日早朝この付近すなわち上御霊神社の森の合戦から応仁の乱ははじまった。十七日の夜、畠山政長は自邸を焼いて一族や奈良の成身院光宣らと兵約二千を率いて、ここに布陣し翌十八日は終日激しい戦いが続いた。義就方には朝倉孝景ついで山名宗全が加勢した。しかし政長方にはたのみの細川勝元がこの段階では動かず、まる一日の合戦ののち、政長方が敗退した。これが応仁の乱の最初の合戦である。

　三月、年号は応仁と改まり、細川・山名両陣営ともに味方を集めて、戦時体制をかため五月から上京を中心に東西両陣の全面的な戦闘に入る。
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